城市污水处理的方法有很多种，其中主要有物理法、生物法和生态处理与综合利用方法。
在我国的大多数城镇中，对污水的处理都是采用了污水处理厂这一技术手段。
但在实际的应用过程中也发现了很多问题，这些问题严重影响了我国城市污水的处理效果。
一、不能达到对污水的有效处理
污水处理厂的设计主要是根据城市的污水处理工艺进行设计，这样可以有效控制污水的排放，实现污水与水资源的有效利用。但由于受当地经济发展水平、气候等影响，城市污水处理中还存在很多问题。比如不能保证处理系统与原有环境相协调、建设规模过于庞大等都会影响整体设计效果，严重限制了城镇的发展。
二、污水处理厂运行管理混乱
在我国的很多城市中，污水处理厂的运行管理并不是很完善。在我国城市建设中，很多企业为了节约成本，通常会采取一种粗放式管理的方式，这就使得处理的污水有很大一部分被浪费掉了。
在目前城市发展过程中，污水处理厂是为了将污水进行处理，而不是为了节约能源。
因此在使用过程中要注意对其进行科学合理管理，这样才能保证污水处理厂的运行效果。
如果只是简单使用粗放式管理方法的话，就会导致处理后的水有很大一部分被浪费掉，使城市污水处理厂运行效果不佳。
三、缺乏技术创新
污水处理厂在设计和建设的过程中，往往忽视了污水处理技术的创新。
在城市污水治理工程当中，往往会存在这样一种现象：工程设计单位在进行污水处理厂的设计和建设时，总是一味地追求技术创新而忽略了对工艺系统的研究和改进。
所以在这样一个复杂的系统中，往往会出现这样一些问题：由于技术上缺乏革新与改进，使整个处理厂的设计不能满足污水处理要求。
这也就是造成很多城市污水处理厂运行不正常的主要原因。
四、污泥处置不当
城市污水处理厂中的污泥在经过了长时间的沉淀后，会产生大量的活性污泥，如果不能妥善处置，将会对生态环境造成严重后果。
另外，随着城市化进程的加快和工业发展的快速推进，城市污水处理厂内所产生的污泥量也在逐渐增加，这些污泥如果不能妥善处置，则会造成严重后果。
另外还要对污泥进行妥善处置，如可以进行无害化处理后用于农田灌溉或制作土壤改良剂等。
五、缺少合理的资金投入
合理的资金投入可以促进污水处理事业的快速发展，在保证质量的同时降低成本。
目前，我国污水处理工作存在以下问题：第一，资金不足。
第二，对技术研发投入不足。
第三，运行管理水平有待提高。
第四是运营管理费用过高。
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